Le jeu se déroule dans le monde d'Atréia, où vivaient les humains et les Balaurs (créatures maléfiques semblables à des dragons ). Dans leur quête de pouvoir, ces derniers ont détruit la Tour d'Éternité, représentation physique du dieu Aion. Il s'en est suivi un cataclysme qui a divisé le monde en deux parties et séparant les habitants en deux factions :

- D'une part, les Elyséens, représentés au premier abord comme des anges, ce sont les humanoïdes ayant survécu dans la partie inférieure du monde d'Atréia, Elyséa. Vivant dans un monde qui baigne dans la lumière du soleil et ayant peu de différences avec l'ancien (en dehors des précédents événements), leur apparence physique ne change pas d'antan : Des ailes d'un blanc éclatant et une peau plutôt claire.

- D'une autre, les Asmodiens, "humains" ont été obligés de survivre dans la partie supérieure d'Atréia, Asmodée, après la destruction de la tour. Contraints de se terrer dans les ténèbres, les Asmodiens ont développé des griffes, des yeux rouges, une peau sombre et arborent des ailes noires.

Ces deux races comprennent un rang divin, les Daevas immortels, principaux acteurs du monde d'Aion. Ce sont ces personnages qui sont dotés d'ailes et de pouvoir divins.

Les Balaurs, eux, furent bannis dans une faille au centre du monde, les Abysses. Cependant, ils sont parvenus à s'échapper de leur prison, représentant à nouveau une menace pour le monde.

Aion met en confrontation les trois factions, Élyséens, Asmodiens et Balaurs, dans un univers de conflit évolutif, le "PvPvE", qui mélange à la fois le PVP (Player Versus Player donc joueur contre joueur) et le PVE (Player Versus Environment, donc joueur contre l'environnement du jeu). Les joueurs ont la possibilité d'incarner les Élyséens ou les Asmodiens, la troisième faction (les Balaurs) étant entièrement gérée par l'intelligence artificielle avec une grande liberté d'action.

L'originalité d'Aion réside dans un univers autorisant le jeu aérien. En effet, dans certaines régions, le joueur aura la possibilité de voler dans le ciel pour accomplir des quêtes, récolter des ressources ou même combattre des adversaires. Il est également possible de créer son propre personnage, lui trouver de nouveaux équipements ou de nouvelles armes. Il faut tout d'abord choisir entre la race élyséenne ou asmodienne, puis entre quatre classes: guerrier, éclaireur, mage, prêtre. Le jeu débute dans une région propre à la race. (Ishalgen pour les Asmodiens et Poeta pour les Elyséens). À partir du niveau 10, il est possible de choisir une sous-classe, afin de se spécialiser. Le niveau maximal est 55.

Atréia, planète autrefois paisible, créer par le Dieu Unique Aion, accueillais deux peuples :

• Les Asmodiens d'Atréia supérieur
  
• Les Elyséens d'Atréia inférieur
  

Ces deux peuples vivaient en parfaite harmonie et ne faisaient qu'une
seule nation fraternelle. A cette époque, les deux peuples étaient
simplement connus sous le nom d'Humain. Des années s'écoulèrent ainsi
avant qu'Aion créa une troisième race, il s'agissait des Drakens. Des
créatures dont la seule vue inspirait la terreur, d'infâmes bêtes
imposantes dont aucune arme humaine n'avait d'efficacité sur eux. Leur
point fort, en plus de leur peau cuirassées, résidait sans aucun doute
dans leur faculté à prendre leur envole en quelques secondes seulement.
Leurs forces ne cessèrent d'augmenter à mesure que leur nombre se multiplia,
ce qui ne calmait en rien leur incroyable soif de pouvoir.





Cette race initialement créer par Aion pour régir Atréia, anéanti entièrement
d'autres races et en réduisit certaines comme les Kralls et les Maurs à
l'esclavage en oubliant complètement leur mission Divine confiée par Aion.
Réalisant les sombres tendances des Kralls et des Maurs, les Drakens décidèrent
de s'allier avec eux qui sans aucune hésitation, portèrent allégeance à leurs
nouveaux maîtres.




C'est à cette période que les Drakens connurent une grande évolution, appelée
par eux-même "l'Eveil". Certains d'entre-eux avais plus évolués que les autres,
les rendant plus fort, plus plus grand et plus intelligent. Ces créatures prirent
le nom de Dragons. Cinq d'entre-eux accédèrent au pouvoir et se faisait appeler
les Seigneurs Dragons.




Après avoir militairement réorganisé leurs troupes, ils décidèrent de rebaptiser
leurs factions " Les Balaurs" et lancèrent un assaut si démesuré face aux faible
forces opposées que les humains crurent qu'il s'agissait d'une nouvelle race. Ce
n'est que la brutalité bestiale et la volonté d'annihiler toute forme de vie qu'ils
comprirent qu'ils avaient toujours affaire aux mêmes tyrans.




Fidèle à leur arrogance et leur avidité inégalé, les Balaurs demandèrent à Aion
de leur céder l'équivalence de ses pouvoirs. La clairvoyance d'Aion, en vue
de l'actuelle situation l'amena à refuser leur requête, ce qui engendra une
haine terrible des Balaurs envers leur Dieu. Ils rassemblèrent leurs forces
pour s'attaquer à la Tour de l'Eternité, représentation physique d'Aion, qui
traversait le coeur de la planète. Les humains défendirent la tour, mais les
Balaurs les décimèrent par milliers.




Pris de désespoir, Aion créa les Seigneurs Empyréens, 12 puissants gardiens
d'une incroyable beauté angéliques. Ils avaient pour uniques mission de contrôler
les Balaurs et de restaurer l'ordre sur Atréia. Ces Seigneurs avaient pour capacité
de contrôler un étrange substance synthétiser par Aion, l'Ether. Elle leur permettait
entre-autres de s'envoler dans les airs, mais surtout de défendre leur partisans en
matérialisant un bouclier protecteur autour de la Tour. Cette lutte se transforma en
longue lutte interminable appelée " La guerre du Millenium".





Durant cette période, les Seigneurs Empyréens ont appris à certains humains, plus
aptes que d'autre, à contrôler l'Ether ce qui leur ont permis de développer de grandes
ailes et des pouvoirs de loin supérieur aux simples mortels. Ces Individus sont appelés
les Daevas, sorte de demi-dieux prêt à façonner un nouvel avenir en ramenant l'ordre et la
stabilité sur Atréia.