Claymore prend place au moyen age, alors qu'une menace pèse sur les humains en la personne des yomas (démons). Une organisation secrète d'hybrides mi femme/mi yoma les combat.

Raki est un jeune garçon qui a vu récemment mourir ses parents des mains d’un yoma.
Ces êtres, en raison de leur capacité à prendre l’apparence de n’importe quel humain ainsi que leur mémoire et leur comportement, son reconnus comme les prédateurs de l'Homme. Le seul moyen connu pour éradiquer la menace des yomas est de demander l’aide d’un mystérieux groupe : les Claymores. Ceux qui le constituent sont toutes des femmes mi humain et mi Yoma vivant en marge de la société, car craintes des humains en raison de leur origine et de leur apparence. En effet, un des détails qui les caractérise sont leurs yeux argentés qui changent de couleur lorsqu’elles combattent un yoma.
Afin d’éliminer le yoma qui se trouve dans le village de Raki, le chef de celui-ci fait alors appel à cette organisation. C’est ainsi que le jeune orphelin fera la connaissance de Claire, et découvrira son monde en la suivant lors de ses missions.